（一） 来源的不同
1、是来自无污染的大草原，是纯正的绿色药品。                      
2、原材料取材方式的区别：蒙药除了它的无污染的大草原外，采摘方式上结合现代科学和传统经验主要特点如下：采大不采小，采“上”不采“下”，寒性药物在秋季早晨日出前，下午日落后，挂露时采摘。热性药材在夏季三伏天，中午烈日头时采摘方可最大程度的保护药物物性。之后寒性药材阴干，热性药材烈日下烘干等都体现了与中药的不同之处。
（二）炮制方法的不同：
1、如草乌的泡制是用诃子的浸汤（诃子和水的比例是为30：100）浸泡7天，即可降低草乌的毒性，至而丝毫不影草乌的有效成分。
2、用牛奶、蜂蜜等补品不来增加药物的可用性，例如：炮制听牛奶中煎煮4小时以上，使人体完全的吸收和利用。蜂蜜用来造型、固型，去除药物的异味和增强其药的活性。
（三）服用方法的不同：
1、加药引子服用法：在蒙药千年的历史、蒙古民族传统组方的基础上不断摸索如何最大程度的增强药物疗效，并在生活实践中积累出系列经验和方法。药引子加服法就是其中之一。
2、散剂可以直接用凉白开或用药引送服即可，蒙医学理论中分为热、中、寒等不同的病症说法。如热时用白糖水、鲜奶等为药子。中性病症时用羊肉汤、骨头汤、酥没油茶等。寒症时用白酒,红糖水做药引子。应结合现代科学灵活运用，加减增补，增强疗效。
3、 汤剂用温水微煮，晾凉即可服用。
4、 热性药物在饭前服用，寒性药物在惚后服用，烈性药物在睡前服用等。
5、 蒙成药汤剂和散剂都是研成粗粉或细粉等方面与中药有很大的区别。中药则把饮片大致段结合水煮煎熬很长时间后，提出药渣服用清汤，如此加工过程中或多或少影响了药物的有效成分。因此蒙药用上述方法来免除上一些不必要的损耗。
（四）单药入方上的不同：
1、蒙药多数以生药入药，不影响药物的有效成份。
2、重金属入药，能直接补充人体需的微量元素。
3、动物脏器入药充分展现了肾补肾，以肝蒙医传统的特色。而且完全。